Dans le cadre du processus de réforme du Système des Nations Unies initié par Kofi Annan, Secrétaire Général de l'Organisation, à la fin des années 90, une série de mesures ont été adoptées visant à plus d’efficacité du Système.

Un accent tout particulier a été mis sur l’amélioration de la coopération entre ses différentes agences et institutions afin d’assurer une plus grande cohérence et complémentarité entre leurs actions en faveur du développement. Une série d’objectifs stratégiques communs ont été définis et certaines procédures administratives ont été harmonisées, chaque agence et institution continuant à agir selon les spécificités de son propre mandat.

 L'agenda du Secrétaire Général pour une réforme plus complète des Nations Unies, qui date de 2002, demande que l'on aille plus loin dans la programmation conjointe et le groupement des ressources afin de rendre le système des Nations Unies plus efficace dans les pays en développement et de garantir que les ressources combinées du système soient utilisées le mieux  possible. 

Dans ce contexte, l'élaboration d'un programme conjoint a été promu, qui est une série d'activités contenues dans un plan commun de travail et le budget y afférent, qui impliquent l'intervention de deux organisations du système des Nations Unies au moins et des partenaires nationaux. Le plan de travail et le budget feront partie d'un document de programme conjoint, qui détaillera aussi les rôles et responsabilités des partenaires dans la coordination et la gestion des activités conjointes. Toutes les organisations participantes et les partenaires nationaux signent le document de projet.

En Tunisie, un certain nombre de programmes conjoints ont été initiés dont voici les détails :